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DeepLabCut教程(一 从零开始安装)

DeepLabCut教程(一 从零开始安装)

此篇为 一 从零开始安装 我将尽量详细介绍从零开始安装的整个过程。

安装成功后如需查看如何使用,请查看 二 具体如何使用 ,链接为:

DeepLabCut教程(二 具体如何使用)


一、简述

Stacktrack

DLC自从问世后,被国内外各类实验室广泛使用,其鲁棒性、实用性远超其他tracking软件或网络。

DLC主打动物2D身体点追踪,有预训练网络以及ResNet50、101等可选训练网络,支持自定义身体点,流程清晰。甚至有DLC3D的版本,但3D版初期有很多BUG,目前是否修复很多暂不知晓。

2019.10,DLC官方发布了2.1版本,终于有了GUI!

2020.05,DLC官方发布了DLC2.2版本,支持了多动物追踪功能。

由于版本的不断更新,python环境中的版本也有更新,目前已经支持RTX3090,详见11条。


二、DLC官方信息

DLC官方网址:

https://www.mousemotorlab.org/deeplabcut/

DLC的Github:

https://github.com/DeepLabCut/DeepLabCut

DLC的文章链接:

2D:https://www.nature.com/articles/s41593-018-0209-y.epdf

3D:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31227823/

DLC文章一作:

Alexander Mathis老哥


三、安装流程:

其实在DLC的Github上,有详细的安装过程,大家也可以参考

(https://github.com/DeepLabCut/DeepLabCut/blob/master/docs/installation.md)。

以下是简单的安装流程:

1、安装Anaconda,登录Anaconda官网下载即可,安装的时候基本无脑下一步就可以

Anaconda官网网址如下:

https://www.anaconda.com/products/individual

进而安装spyder或pycharm等(可在Anaconda Navigator中一键安装)

19898939-a55d7d4d2e146be9

2、创建conda虚拟环境,打开win+R,输入cmd,打开控制台(有些电脑需要打开anaconda prompt)

创建虚拟环境,输入如下命令:

1
conda create -n DLC-GPU python=3.6

3、查看自己电脑的显卡驱动型号(可以更新驱动https://www.nvidia.cn/Download/index.aspx?lang=cn)

使用win+R,输入cmd,打开控制台,输入两行:

1
2
cd C:\Program Files\NVIDIA Corporation\NVSMI
nvidia-smi

4、查看显卡驱动对应的CUDA版本限制,安装对应版本的CUDA

登录CUDA官网下载驱动型号对应版本的CUDA,下载后双击exe无脑下一步安装。

https://developer.nvidia.com/cuda-downloads

19898939-b668e8e396849d43

5、下载cuDNN,登录如下网址,根据第4步安装的CUDA版本安装cuDNN

https://developer.nvidia.com/rdp/cudnn-download(如果之前没登录过,需要注册账号)

查找自己的CUDA安装路径,如我的是: C:\Program Files\NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA\v10.1,记这个目录为A1

将下载的cuDNN解压,得到一个cuda的文件夹。

​ 将下载压缩包 cuda\bin 目录下的 .dll文件 复制到 A1\ bin 目录下

​ 将下载压缩包 cuda\include 目录下的 .h文件 复制到 A1\ include 目录下

​ 将下载压缩包 cuda\lib\x64 目录下的 .lib文件 复制到 A1\ lib\x64 目录下

​ 修改环境变量,在系统变量中加入: A1\lib\x64

6、安装conda环境中的tensorflow-gpu、cudatoolkit、cudnn

首先需要先进入这个环境,在cmd控制台中输入以下命令以进入刚才第2步新建的conda环境(有些电脑需要输入 conda activate DLC-GPU):

1
activate DLC-GPU

在此环境下需进行conda的换源操作,输入如下命令,将下载conda包的服务器换至国内清华。

1
2
3
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

之后则需要利用conda命令安装tensorflow-gpu、cudatoolkit、cudnn。输入如下命令以安装这三个包:(网络最好稳定,如果不稳定或未连接网络会报HTTP等错误)

1
2
3
conda install cudatoolkit==10.0.130
conda install cudnn==7.6.5
conda install tensorflow-gpu==1.13.1

(tensorflow-gpu也可选择其他版本,官网上说1.0到2.5都可以)

注:只要系统上存在python环境中的cudatoolkit和cudnn所兼容的nvidia驱动,则无需要安装完整的CUDA Toolkit(也就是第三、四、五步所介绍的)

7、pip换源操作(这一步看自己需求,换源后可基本实现满速下载)

pip的换源操作和conda不太一样,如果单次使用pip,使用 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 也不失为一种选择,如果要批量pip,最好将pip也换源。

在C盘目录C:\Users\xxx\pip下面,新建一个文件pip.ini,在ini文件中输入如下语句,即可实现pip永久换源:(如果没有pip这个文件夹,就新建一个)

[global]
index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

8、安装deeplabcut

终于到了这一步了!

首先需要先进入对应环境,在cmd控制台中输入以下命令以进入刚才第2步新建的conda环境(有些电脑需要输入 conda activate DLC-GPU):

1
activate DLC-GPU

目前安装deeplabcut时,仅需输入如下命令即可(因为DLC的更新维护比较给力,现在已经很无脑了):(同样,网络需要保持稳定,也处可手动选择deeplabcut的版本)(下面两条命令二选一即可,如果没有进行第7步可选择这一条)

1
2
pip install deeplabcut==2.1.8
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple deeplabcut

9、安装wxPython

不知道为啥,deeplabcut里面没有自带wxPython包,不安装又会报错,故pip安装一个。同样地,在cmd窗口下激活环境(有些电脑需要输入 conda activate DLC-GPU):

1
activate DLC-GPU

使用pip安装默认版本的wxPython(有时候会报错,故推荐4.0.7):

1
pip install wxPython==4.0.7

10、测试安装是否成功

新打开一个cmd控制台,输入activate DLC-GPU激活环境(可能是conda activate DLC-GPU,也可能必须要进入anaconda prompt才可以)

输入如下命令,如果没有报错则安装成功。

1
python
1
import deeplabcut

11、版本更新

如果你拥有了RTX3090显卡,那么需要安装CUDA11、tf2.5的版本。目前推荐的列表为:

tensorflow-gpu=2.5

cudatoolkit=11.3.1

cudnn=8.2.1

deeplabcut=2.2rc3


四、一些错误:

DLC毕竟还是一个开源包,一些问题还是很多,在官网github页面下也已经有非常非常多的问题和解决方案,在这里我也会不定期更新一些常见错误:

错误合集见链接:错误合集

本文由作者按照 CC BY 4.0 进行授权